С лечебной целью используют только краевые, синие цветки этого растения.
В научной медицине василёк синий употребляется только в виде лёгкого мочегонного средства. В народной медицине это растение применяется как желчегонное, мочегонное и потогонное средство: при водянке, желтухе, воспалении почек и мочевого пузыря и при простуде.
Отвары краевых цветков часто применяют в виде примочек для глаз при некоторых глазных болезнях как противовоспалительное, а иногда и как прижигающее и дезинфицирующее средство. Отвар из цветков применяют наружно и внутрь при особой болезни глаз, называемой куриной слепотой. При этом лечении надо соблюдать диету: часто употреблять в пищу печёнку при общем усиленном питании рыбьим жиром.
Способ применения . Отвар: одна чайная ложка цветков на стакан кипятка; употреблять по 1\4 стакана 3 раза в день, наружно применять как примочку.